初投资
总初投资 : ～ RMB300-400/m2左右；总初投资 : ～ RMB250-400/m2左右；
一般选择室外机与室内机总冷量匹配 (室外机本身可在一定的冷量范围内运行)，视不同情况而定。包括水泵、冷却塔及其他水处理及其辅助设备。
一般来说水系统初投资较低（10%--25%左右）
氟系统，系统以制冷剂为输送介质，采用变制冷剂流量技术的单配管多联系统，室外主机由室外侧换热器、压缩机和其他制冷附件组成，室内机由直接蒸发式换热器和风机组成。一台室外机通过管路能够向若干个室内机输送制冷剂液体。通过控制压缩机的制冷剂循环量和进入室内各换热器的制冷剂流量，可以适时地满足室内冷、热负荷要求。
水系统：冷水机组/空气源热泵系统，此类系统由室外主机和室内末端装置组成，通过室外主机提供空调冷/热水，由水管系统输送到室内末端装置，水与空气在室内末端处进行热交换来消除房间冷/热负荷。是一种集中产生冷/热量，但分散处理各房间负荷的空调系统型式。
设计操作灵活性
可以实现自动控制、智能化管理，不用专人管理，启动方便快捷，制冷迅速，能满足短时需要大量冷量的要求。需设专人管理及维护，操作复杂，系统庞大，系统启动复杂，制冷慢。
室外机与室内机共同组成制冷系统，一台室内机发生故障时，完全不会影响其它室内机工作产生影响；室外机完成制冷循环的所有过程，是两次换热过程，其中系统需要多种辅助设备，包括水处理，冷却系统等等，容易发生故障。
由于系统简单，只是通关和室内机的连接，安装方便，工期很短。包括机房的设计施工和末端系统的施工，工程量很大，工期长。
系统较小，铜管内流的制冷剂，不会出现冷热分布不均的情况。系统庞大，容易出现水力的不平衡，往往会出现近端效果好，末端没有效果的情况。
设计操作灵活性方面，氟系统远优于水系统。
环 保
室内管路中的介质是制冷剂；没有另外的水系统，不会对水造成污染。制冷剂在室外机内，室内介质是水，如果多支部进行处理的话，容易滋生细菌，钢管容易生锈；
可以选用环保工质，像410A，407C等工质。室内机可加装等离子过滤网，除尘、滤菌效果更好。室内机为风机盘管，没有这种功能。
系统不存在水的循环。需要经常对冷却水系统补水，并且冷却塔漂水会时常飘在人身上。
在环保方面，氟系统优于水系统。
安 装
包括室内外机、制冷剂配管等部分的安装；包括室内外机、冷却水系统、冷冻水系统，电气安装和其他辅助设备、机方等部分； （水箱、水处理仪、水泵、过滤器、阀门、水流开关等），
制冷剂配管由于采用管径很小的铜管，安装极为方便，没有机房的安装。采用较粗的钢管或者PPR管，工程量大，安装专业性极强，需要经过专门的培训后方能安装。
机组运行时，由于管径很小，流过的制冷剂量也很小，采用吊顶时对建筑的影响较小。机组运行时，由于管径很大，再加上水的质量，对建筑吊顶承重都会产生很大的影响。
在安装方面，氟系统远优于水系统。
维 修
系统设备高度集成，性能稳定，假如其中任何一套系统中任何一台压缩机发生故障，都不会影响其它系统的正常工作，同时也不会影响到本系统中其他压缩机的正常工作。 系统庞大，各种附属设备较多，因此造成系统复杂，故障率较高，假如其中任何一种设备出现故障，将影响到整栋大楼的运行。
由于氟系统的智能化程度很高，出现故障时，均能在线控器面板上显示出来故障代码，这样使维修更为方便。没有此种功能，出现故障凭借维修人员的经验，效率低。
氟系统较水系统小，很容易找出故障点。水系统较大，需要配置专门仪器对系统进行检测，往往需要很长时间，费用较高。
室外机冷媒系统一般不需定期维护；水系统需专人定期维护，并需定期补水以保证制冷效果。
在维修方面，氟系统远优于水系统。
使用寿命
采用两台或多台压缩机;在部分负荷时，压缩机会交替运转，这样不会使压缩机处于持续运行的状态，使压缩机的寿命得到延长。采用单台或两台压缩机，在部分负荷时也会持续运转，降低压缩的寿命;
多台压缩机顺序启动，不会冲击电网。变频压缩机根据负荷的变化改变自身的运转频率。大功率压缩的启动对电网冲击很大。
压缩机寿命较长。其无大故障运行时间达15年以上，寿命达20年以上 主机寿命15年左右，但末端设备（风机盘管等）一般只有5-8年。
铜管运行过程中不会基本上不会出现生锈、腐蚀等情况。因此铜管比水管更有优势。水管运行过程中会出现结垢、生锈、腐蚀，无形中减少了寿命。
在使用寿命方面，氟系统优于水系统。
水/ 制冷剂泄漏问题
氟系统采用罗纹连接，所以泄漏可能性很小。水系统庞大，设备很多，焊接点很多增加了漏水的可能;水管较多，跑、冒、滴、漏等现象严重，附属设备多维修量大，系统结垢现象严重，机组需大规模保养。
制冷剂泄漏不会破坏装修；水系统的泄漏可能会破坏装修，损坏电气设备、家具等，带来经济损失；这样的事例已经发生很多次，使客户和生产上发生纠纷，甚至打官司。
所有的制冷剂是无毒的，当泄露后会以气态散到空气中，通过空气流通换到室外；水系统泄露后由于装在天花内，不容易发现，等到发现时，天花、地板甚至墙面已经被破环，现在房子都是精装修的，当天花、地板甚至墙面被水漫过后，损失很大。
水系统泄漏可能性较大，泄漏带来的损失也很大。容易造生纠纷。
占地面积
不需要专用机房，放置在屋顶或室外空闲位置，不占用建筑的优先使用面积。现在寸土寸金的建筑里面，无形中减少了投资费用。需要专用机房
没有辅助设备。冷却塔需要占去一部分面积。
在占地面积方面，氟系统优于水系统。
本比较表来自互联网，有一定的倾向性，不代表暖通南社立场。
运行费用
氟系统经过一次换热，使能量的利用率更高，效率更高。经过两次换热，在两次换热的过程中，能量的损失增加，效率降低
部分负荷时，通过调整变频压缩机的转速或启停定频压缩机来避免不必要的能耗；部分负荷时，由于是大型压缩机，所以调节性能差，不能像变频机器一样随着室内负荷的变化而变化，故能耗高。
只是室内外机耗电。包括水泵、冷却塔、水处理等设备的耗电。
在运行费用方面，氟系统比水系统节省30%左右。
噪 音
氟系统机组采用高效涡旋压缩机，室内机采用BLDC直流无刷电机，效率提高，噪音降低。室内风机盘管采用交流电机，噪音大。
只有室内机和室外机没有其他设备产生噪音。水泵、冷却塔运行均会产生噪音。
在运行噪音方面，氟系统优于水系统。
水系统防冻问题
没有水系统防冻问题;分体式水机空调在冬天存在冻结问题，导致管道冻裂等。引起纠纷。放水的话对水是一种浪费，并且来年再使用是必须对系统检漏，并充水，对水资源浪费很大。
在水系统防冻问题方面，氟系统优于水系统。
运行环境温度范围
制冷: DB -5～43℃
制热: WB -20～15.5℃制冷: DB 16～43℃
制热: DB -10～21℃
机组运行范围广，冬季不存在防冻问题。有条件的使用。
氟系统比水系统的运行范围更广泛，因此应用的地理范围更广。
制冷/热速度，舒适度
一次换热，制冷/热速度较快
采用变频技术，压缩机根据室内负荷的不同而改变压缩的频率，营造舒适的环境。制冷/热速度较慢；
采用双感温控制，室外机采用双速风机，室内温度维持在±0.5 ℃？舒适。水机运转一般室内维持在±2 ℃？舒适度方面不如氟机。
在制冷/热速度，温度调节方面，氟系统优于水系统。