在实际的系统设计时，也要遵循热泵运行的规则，这样才能真正发挥热泵专用压缩机的功能。具体要注意到以下几方面：
一、节流装置要保证宽范围
无论是分体式还是放于室外的整体式热泵热水器，其蒸发温度都非常宽。为了在宽范围内进行有效节流，建议不要采用单根毛细管，而是采用膨胀阀或者多组毛细管，以应对环境温度的变化，保证在所有运行条件下都有吸气过热度。同时也要避免液体直接进入压缩机，特别是冬季。
二、观察液击、浸入现象，评估风险
针对静态加热储热式热泵热水器，“冷媒迁移”是回避不了的问题：即压缩机停止工作后，处于冷凝器处于高水温环境中，压缩机/蒸发器逐渐冷却，温差导致冷媒逐渐迁移至蒸发器和压缩机。
冷媒发生“聚集”，压缩机再次启动时，聚集在蒸发器中的冷媒很可能直接进入压缩机。也就是说热泵热水器发生液击的程度比空调要严重得多。这个现象已经经过多次试验得到验证。这也是热泵专用压缩机采用超大容量弧形储液器设计的原因之一(缓解液击、提升吸气过热度)。因此，在开发热泵热水器时，需要观察液击、浸入现象，评估风险。比如阿里斯顿、格力等企业在开发热泵热水器是都进行了详细的观察，确认系统设计的可靠性，做得很专业。
三、注意压缩机底部过热度的问题
这一点是在系统设计时容易被忽略的地方，但却是极端重要的。所谓压缩机底部过热度，其定义为：压缩机底部温度—冷凝温度。如果该值为零或者小于零，此时压缩机本体就成了一个“冷凝器”，冷媒会慢慢在压缩机壳体内冷凝成液体而沉积在压缩机底部，被当做“润滑油”泵到压缩机泵体各滑动面上。液态冷媒是没有润滑功能的，其结果是压缩机泵体摩擦对偶全面磨耗，发生“咬缸堵转”只是个时间的问题。
压缩机冬季运行时，如果发生“吸气带液”，进入压缩机内部的液态冷媒会迅速降低压缩机本体温度，加上低的环境温度，导致压缩机底部温度会降得比较低。而热泵热水器由于需要制取较高温度的热水，冷凝温度比较高，就这很容易发生压缩机底部温度低于冷凝温度的现象。系统实验表明，当发生有吸气带液时，在制取55度热水时，环境温度在5度左右就会发生底部过热度小于零的现象，环境温度越低越严重。
普通空调压缩机在有吸气过热度时容易“电机过热”，特别是在高压缩比运行时。这恰是热泵专用压缩机需要解决的，在高压缩比下，热泵专用压缩机仍可可靠运行。
四、冷凝侧换热留出安全余量
不管是什么类型热泵热水器，长期运行后，其水侧(冷凝侧)的换热效果都会下降(结垢、松动、老化等)，换热温差会增加。因此在设计当初就考虑到将来其冷凝侧换热温差可能会发生怎样的变化，留出一定的安全余量，以保证压缩机长期运行在安全范围之内。