对水冷式冷冻机故障的处理必须严格遵循科学的程序办事，冷冻机操作员不可在情况不清、故障不明、心中无数时就擅自行动，随意拆卸水冷式冷冻机。这样做的后果不仅没有找出故障原因，往往会使水冷式冷冻机已经发生的故障扩大化，或者引起新的故障，甚至会对水冷式冷冻机造成严重损害。
如果用户正在运行中的水冷式冷冻机突然出现故障，首先应该对水冷式冷冻机进行关机处理，然后细致认真的对冷冻机进行现场检查，了解水冷式冷冻机在故障发生时各个部件的工作状况，确定是水冷式冷冻机的哪个部位发生故障，以及它的损坏程度是怎样。
在确定水冷式冷冻机故障发生的经过并对其采取紧急措施后，水冷式冷冻机操作员应该及时与水冷式冷冻机的厂家取得联系，详细说明故障发生的部位及故障状况。由工厂安排维修技术员到达现场后，才能对虽然有故障，但还可以在短时间内运转并不会使故障进一步恶化的水冷式冷冻机或者辅助装置亲自进行启动操作，为正确分析故障原因掌握准确的感性认识依据。
另外，维修技术员可以通过检查水冷式冷冻机的运行记录表来分析故障发生的原因。特别是要重视记录表中不同常态的运行数据和发生过的问题，以及更换或维修过的零件的运转时间和可靠性，了解因为任何原因引起过的安全保护停机等情况，这些与故障发生有着密切的关系，尤其不能忽视。
如果用户要确保水冷式冷冻机能够24小时正常、安全、稳定的长期运行，在条件允许的情况下，建议可以多配置一台水冷式冷冻机作为备用，即使其中的一台水冷式冷冻机因为长时间运转导致不可避免的故障发生，还可以启动备用的水冷式冷冻机进行工作，不会影响用户对制冷的需求。
最后，也是最重要的一点，希望用户能够重视起来：一定要对水冷式冷冻机进行定期的清洗、维护保养工作。毕竟不管是哪一种机器设备，长时间的联轴运转或摩擦肯定会磨损设备的各个组件，运行的时间越长，故障发生的次数及组件也就越多，使用寿命势必会大打折扣。定期对冷冻机做好维护保养工作，等于是花最少的钱，在最大程度上保证冷水机长期使用。