冷藏集装箱船的冲击下，专用冷藏船的前景将极不确定。冷藏货运市场虽将东山再起，但冷藏集装箱船将占大半江山。相对传统冷藏船，冷藏集装箱船所具备的一大优势是其规模经济效应，除此之外，从纯海上运输方面来看，冷藏集装箱船更加环保，尽管学术界对此尚有争议。
伦敦德鲁里航运咨询公司经理加德纳（Nigel Gardiner）说：“由于灵活性更佳、价格也更有竞争力，冷藏集装箱船目前在这个冷藏货运输市场中占主导地位。目前，配有冷藏箱的集装箱船与传统冷藏船的数量比为4600：763。”
“我们预计，到2015年1月，传统冷藏船的数量将进一步减少至458-635艘，具体数字要视船舶是30年还是35年报废而定。” 他还预计，届时，在全球冷藏航运市场上，经冷藏集装箱船运输的份额将从2008年的56%上升到71%。
不过，有新的研究结果显示，在特定的情况下，冷藏船比冷藏集装箱船更环保。
汉堡的一位工程博士怀尔德（Yves Wild）在Cool Logistics举办的一个业内会议上做了一份展示，对冷藏集装箱船、传统冷藏船以及飞机的能耗及温室气体排放量做了详细比较。他从两个方面分析了冷藏货在海上运输过程中的能耗。
第一个方面是从船的整体运行来考虑的。他发现能耗的多少主要取决于船的吨位、航速与货物载重，其他因素的变化对能耗没有太大影响。
第二个方面则是比较两种船的制冷系统。他首先评估了传统冷藏船的制冷系统的能耗――包括电力制冷系统、冷藏水及冷藏泵再循环风机等。而后，他对冷藏集装箱船做了评估，包括制冷系统和余热排出（如货仓的通风以及冷却水泵等）的能耗。最后，他说：“能耗的多少主要取决于冷却系统、船型、货物载重，还有气候条件”。
怀尔德共选取了20艘船龄和载重量分别在1-34年之间以及1-1.65万吨之间的传统冷藏船和27艘船龄和载重量分别为1-27年以及0.93-6.5万吨之间的集装箱船进行测算。测算结果显示，一个冷藏集装箱（feu）的能耗约为6.6千瓦；而冷藏船货仓的能耗约为150瓦/吨。
以上测算皆假设船舶的航程为5,000海里、航速为20节。不考虑在港时间、货物冷却以及空载航程（指返程）的因素，始终假设船舶满载航运。
怀尔德表示，尽管测算结果如此但做结论还须谨慎。“如果你把两艘吨位相同的冷藏船和集装箱船放在一起比较，你会发现还是冷藏船更好些，因为它的制冷设施更有效率。”
“不过，大家知道冷藏船一般较小，装载量充其量也就100万立方英尺左右。而冷藏集装箱多为高箱，一个箱子的容积差不多是1200立方英尺，因此就算最大的冷藏船也只相当于1000teu的集装箱船。”“而集装箱船的优势就在于它们更大以及能够带来规模经济效应。船越大在运输过程中排放出的二氧化碳排或者说燃油消耗越少。”“在整个供应链中，运输是能耗的大头。”怀尔德说：“制冷所占的能耗只占总能耗的25%-33%。所以，最主要的排放还是来自于运输本身，走同样的路运同样的货，当然是大船更有效率。”
不过，怀尔德指出由于受拉美和非洲港口泊位所限，大一些的集装箱船无法靠泊。“所以，如果冷藏船与集装箱船都是小船，那冷藏船稍占优势。因为集装箱船还必须要负担集装箱本身的重量。”“一个集装箱自重大约4吨，这是一个不利因素，因为箱子要比冷藏船上的制冷、隔热装置重。所以在这种情况下冷藏船更高效，不过这个结论仅在两船吨位相同的条件下才成立。”
怀尔德说：“一艘标准集装箱船的冷藏箱位应占总箱位的15%-20%。因此如果一艘集装箱船上的冷藏箱位为1000teu，那么这艘集装箱船大概是5000teu，这比一般冷藏船大多了。”
怀尔德认为冷藏集装箱船会进一步瓜分冷藏货运输市场，冷藏船则只能保留一些大船无法靠泊的利基市场。他说：“冷藏集装箱将风生水起。我目前所能看到的唯一属于传统冷藏船的市场应该香蕉运输市场，从哥斯达黎加到欧洲或者中美到欧洲。不过，集装箱船对这一市场也虎视眈眈。”
“我想传统冷藏船会渐渐淡出，就像传统干散货船那样，现在只有一些特殊货物还用传统干散货船。总之，发生在干散货船上的事多半会发生在冷藏船上。”怀尔德还指出，巴拿马运河的拓宽可以让更大的集装箱船通过，这会加速冷藏集装箱的发展。因为大船能将更多的货从拉美运到欧洲。他说“冷藏货运市场的竞争将会因为巴拿马运河的拓宽而更激烈”。
并非所有人都认同冷藏集装箱船比冷藏船更环保。由新西兰林肯大学下属一个研究农业贸易与经济的学院进行的一项针对海运新鲜果蔬的调查显示，若将港口和内陆的物流环节计算在内，集装箱船的温室气体排放量要比冷藏船多27%。该研究更全面地评估了新鲜果蔬供应链中航运产生的排放量。
以奇异果为例，研究主要考察了航运产生的排放以及往返路程上的温室气体排放，航线、舱位利用率、货重等因素都已考虑在内。
据空调制冷大市场专家介绍，当港口活动、冷量损失以及从果园到港口的运输等事项都考虑在内的时候，集装箱船的温室气体排放比冷藏船高27%还要多，达36%！“显然，这说明用冷藏船运水果产生的温室气体要比集装箱船少得多。”360质量协会（360 Quality shipping association）主席华尔多（Walter Wild？er）说。
“专用冷藏船装了货直奔目的港，途中为了加载货物，会有几次靠泊，但次数不会多。相比之下，集装箱船的航程更长，挂靠次数也多。这就好比出租和巴士的区别，出租车直接从出发地到目的地，而巴士会绕远路，还要经常停站。有报告显示，出租车的排放和能耗其实也要比巴士少。”他说：“如德鲁里德报告所示，冷藏运输行业在运力的使用方面更高效。只用了13.2%的运力就承运了43.5%的易腐货物，而由集装箱船承运的56.4%的易腐物，动用的运力竟占到集装箱船总运力的86.8%。”
林肯大学的调查将所有对增加碳排放量的排放都考虑在内，包括了能源整个生命周期里的排放、运输产生的排放以及港口活动产生的排放。不过，调查未将水果生产、生产资料以及人的排放考虑在内。
怀尔德也意识到了航运以外因素会对碳排放量的影响。他说：“在我的研究中，只计入了运输产生的碳排放。有人或许会问：‘造一个冷藏箱与造一艘冷藏船产生的碳排量各是多少？’。”
“还有一点需要强调的是冷藏集装箱船目前还不算很环保。很多厂家制造的隔热泡沫塑料中仍旧含有R141B（二氯氟乙烷），这是种对臭氧层危害很大的物质。所以，这些东西按道理是不能进入欧洲的，但是目前的执法力度不够。”
